質譜快篩儀器的檢驗步驟可以分為以下八點：
1. 均質：取一台斤的檢驗量，以乾冰均質機或果汁機將檢體打碎均質，使檢體顆粒變小，增加接觸面積，提高檢驗精確度。
2. 秤重：取均質後之檢體0.5g或1g，需精準小數點下兩位，確保檢驗精確度。
3. 萃取：將檢體加入萃取液後，放入震盪器震盪30秒，使之均勻混合，萃取液為含1%醋酸之乙腈溶液。
4. 淨化：將萃取後之溶液,倒入針筒容器後，壓注通過FaPEx套組淨化。
5. 上機：淨化過的檢液，即可上機分析。
6. 液相層析：利用檢液中的物質，對固定相的親和力、吸附力之不同，分離出殘留農藥。（固定相：填充在層析管柱， 帶有特定基團的細微固體顆粒/移動相：即液相，帶動樣品成分往下游移動的液體成分 )
7. 質譜儀：利用每個離子的荷質比不同，造成的落點不同，來判定該分子為何種物質。（荷質比：帶電量與質量的比值）
8. 產出報告：最快一天便能產出報告。
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